Flukonazol genelde iyi tolere edilen bir ilaçtır. 7 gün veya daha uzun süreli kullanımlarda advers etkiler % 5 ila 30 vakada gözlenmiştir.
Gastrointestinal yan etkiler:
Hafif veya orta şiddette bulantı, kusma, karın ağrısı, diyare seyrek olarak gaz, ağız kuruluğu, hıçkırık.
Dermatolojik yan etkiler:
Döküntü, eozinofili ile birlikte yaygın döküntü ve kaşıntı Flukonazol alan vakalarda yaklaşık % 5'inde görülmektedir.
Hepatik yan etkiler:
Hafif veya geçici olarak SGOT, SGPT, alkalen fosfataz, bilüribin düzeylerinde yükselmeler görüleilir. Ancak buyükselme tedavi sırasında veya tedavi kesildiğinde normal düzeylere inebilir.
Santral sinir sistemi ile ilgili yan etkiler:
Sersemlik hali ve baş ağrısı çok seyrek olarak görülebilir.