Magnezyum ve alüminyum hidroksit içeren antasitler, siprofloksasinin emilimini azaltır. Bu nedenle, siprofloksasin antasitlerden 2 saat önce ya da 6 saat sonra alınmalıdır. Siprofloksasin ve teofilinin birlikte kullanımı sırasında, teofilinin kan düzeyinde yükselme görülebilir. Bu durumlarda teofilin dozu ayarlanır. Siprofloksasin de dahil olmak üzere bazı kinolon türevlerinin kafeinin biyotransformasyonuyla etkileştiği gösterilmiştir. Bu nedenle, birlikte kullanım sırasında, kafeinin klirensi azalabilir ve serum yarılanma süresi uzayabilir. Siprofloksasinle birlikte kullanıldığında, fenitoinin serum düzeylerinin değişebildiği (yükselme ya da düşme olarak) bildirilmiştir. Siprofloksasin ve bazı kinolonların, siklosporinle birlikte kullanıldığında, serum kreatinin düzeylerinde geçici yükselmeler olabildiği gözlenmiştir. Kinolonlar, varfarin ve türevleri gibi antikoagülanların etkilerini arttırabilir. Birlikte kullanıldıklarında, protrombin zamanı ve diğer kriterler yakından izlenmelidir. Probenesid, siprofloksasinin renal tübüler sekresyonuyla etkileştiği için, siprofloksasinin serum düzeylerinin yükselmesine yol açabilir.