Düşük dozda ve kısa süre kullanıldığında periferik nöropati ve konvülsif nöbetler enderdir. Yüksek dozda ve uzun süre kullanan hastalar dikkatle izlenmelidir. Anormal nörolojik belirtiler görülmesi halinde yarar-zarar değerlendirilmesine göre tedavinin kesilmesi veya devamına karar verilmelidir. Merkezi sinir sistemi hastalığı olanlara metronidazol ihtiyatla verilmelidir. Metronidazolle tedavi sırasında bilinen veya teşhis edilmemiş kandidiyaz vakaları daha belirgin hale geldiğinden, antifungal bir ilaçla tedavi gerekebilir. Metronidazol ile tedavi edilen hastaların yaklaşık %12 sinde gastrointestinal sistemle ilgili istenmeyen reaksiyonların geliştiği rapor edilmektedir. Bu tip yan etkiler, genellikle tedavi sırasında vücut ilaca kendini adapte ederken kaybolmaktadır. Ancak, bu tip yan etkiler eğer tedavi sırasında kaybolmaz, devamlılık gösterir yada tahammül edilemez olur ise hekim tarafından hastanın ve hastalığın özel durumuna göre değerlendirme yapılarak tedavinin devamına ya da kesilmesine karar verilir. Gastrointestinal yan etkiler görülmesi halinde ya da tedavinin başlangıocından itibaren gastrointestinal yan etkileri en aza indirmek için ilaç yemeklerle veya muhtelif gıdalarla birlikte alınmalıdır. Trikomoniyaz tedavisinde enfeksiyonun nüksünü önlemek için eşlerin her birinin metronidazol ile aynı zamanda tedavi edilmeleri ve prezervatifsiz cinsel temastan kaçınmaları önerilir. Metronidazol plasentayı geçip hızla fetal dolaşıma girer. İnsan dozlarının 5 katı dozlarda hayvanlarda feltilitede azalma veya fetusa zararlı bir etki tespit edilmemiştir. Hamilelerde gerekmedikçe kesinlikle kullanılmamalıdır. Sütle, plazmadakine benzer konsantrasyonlarda salgılanır ve burada yarı ömrü 9-10 saattir emziren annelerde emniyeti kesinleşmemiştir. Emziren anneler bu ilacı aldıkları süre ve ilacın kesilmesini izleyen 24-48 saat boyunca emzirmeyi kesmelidirler. Ağır karaciğer hastalığı olanlarda metronidazolün metabolizması yavaşladığından metronidazol ve metabolitleri vücutta birikebilir. Tavsiye edilen mutad dozların altında dozlamaya gidilmeli ve hasta yakından izlenmelidir. Metronidazolün biriken metabolitleri diyalizle süratle uzaklaştırılabildiğinden anürik hastalarda metronidazol dozunun özellikle azaltılmaması önerilir.