Trimoks yaşamlarının ilk 6 haftası sırasında ve yeni doğanlarda kontrendikedir. Sulfonamid’ lere , Trimethoprim’ e ve Trimetoprim – Sulfametoksazol kombinasyonlarına aşırı hassas olan kimselere verilmemelidir. Ciddi karaciğer doku bozukluğu ve şiddetli renal yetersizliği olan hastalarda kontrendikedir. Ciddi hematolojik hastalıkları olanlar dikkatli bir kontrol altında tutulmuyorlarsa trimoks verilmemelidir. Periferal kan veya kemik iliği üzerine ilave etkisi az olan veya etkisi olmayan sitotoksit tedavi uygulanan hastalara verilebilir. Trimoks streptokokkal faranjit tedavisinde kesinlikle kullanılmamalıdır.