Siprofloksazin genelde iyi tolere edilir. Aşağıdaki yan etkilerden bir kısmı ilacın kullanımına bağlıdır. Bir kısmının ise ilaçla ilgili olduğu kesin değildir. Santral Sinir Sistemi : Baş dönmesi, baş ağrısı, yorgunluk, uykusuzluk, migren, diplopi, ajitasyon, anksiyete, nadiren koku ve tat almada azalma, görme bozuklukları, depresyon, hallüsinasyonlar. Gastrointestinal Sistem : Bulantı, kusma, ishal, gaz, karın ağrısı, iştahsızlık. Deri ve Allerji Reaksiyonları : Kaşıntı, döküntü, eritem, fotosensitive, anjiyoödem, ateş, yüzde ödem. Kardiyovasküler Sistem : Taşikardi, hipertansiyon, vazodilatasyon, ventriküler ektopi, senkop, angine pectoris, miyokardial enfarktüs. Renal / Ürogenital Sistem : İnterstisyel nefrit, renal zayıflık, poliüri, üriner retensiyon, vaginitis, acidosis. Solunum Sistemi : Burun kanaması, Larinjel ve pulmoner ödem, dispne, bronkospazm.