Metronidazol genellikle iyi tolere edilir, seyrek olarak uyuşukluk ve döküntüler görülebilir. Kullanım süresine ve dozuna bağlı olarak aşağıdaki yan etkiler görülebilir: Merkezi sinir sistemi : Baş ağrısı, uykusuzluk, zafiyet,baş dönmesi, uyuşukluk hali, depresyon, konfüzyon, ataksi ve preferal nöropati, irritabilite Gastrointestinal sistem : Bulantı, iştahsızlık, ender olarak kusma, diyare, epigastrik sıkıntı, abdominal kramplar, kabızlık, proktit, keskin ve hoş olmayan metalik tat, glossit ve stomatit Hematolojik sistem : Reversibi nötropeni (lökopeni) Renal-genitoüriner sistem : Disüri, sistit, polirü, idrar tutamama, pelvik basınç hissi ve koyu kırmızı idrar Aşırı duyarlık : Ürtiker, eritematöz kızartılar, ateş basması, nazal konjestiyon, ağız kuruluğu ve ateş Periferal nöropati özellikle yüksek doz ve uzun süreli kullanımlarda görülmüştür.