Mirena kullanımı altında görülen en sık yan etki menstruel kanama düzeninin değişmesidir. Lekelenme, adet kanamsının süresinde uzama ya da kısalma, düzensiz adet kanamaları, oligo/amenore, kanama miktarında artma, sırt ağrısı ve dismenore gibi rahatsızlıklar meydana gelebilmeketedir.
Görülme sıklığı sırasına göre şu yan etkiler bildirilmiştir. Baş ağrısı alt abdominal ağrı, sırt ağrısı, deri yakınmaları, vaginal akıntı, mastalji ve diğer bengin meme hastalıkları, vajinit, depresyon ve diğer ruhsal değişiklikler, bulantı ve ödem. Kilo artışı, saç dökülmesi veya yağlanması ve hirsutizm çok az olguda bildirilmiştir. Mirena'nın estrogen preparatları ile birlikte hormon replasman tedavisinde kullanılması sırasında da benzer olgular bildirilmiştir.
Mirena'nın estrogen yetmezliğindeki gebelik dış gebelik olabilir. Mirena kullanıcısında nadiren görülebilecek enflmatuar pelvik, hastalığı ciddi olabilir. Sistem ya da parçaları uterus duvarını delebilir.