Sitalopram bir SSRİ olarak yüksek seçicilik gösterdiğinden, diğer nörotransmiterler üzerinde etkisiz ya da çok az etkilidir. Bu nedenle genellikle iyi tolere edilir. Plasebo kontrollü klinik çalışmalarda sitalopram grubunda > % 2 oranında ve plasebo grubundan daha sık gözlenen yan etkiler; ağız kuruluğu, terlemede artış, tremor, bulantı, diyare, dispepsi, kusma, karın ağrısı, halsizlik, ateş, artralji, miyalji, somnolans, insomnia, anksiyete, anoreksi, ajitasyon, dismenore, libido azalması, esneme, üst solunum yolu enfeksiyonu, rinit, sinüzit, ejakülasyon bozukluğu ve empotanstır.